13 dicembre 2010

Inferenza di reti biologiche: CRS4 e Linkalab ai primi posti nella classifica "DREAM5"

poster CRS4-LINKALAB Dentro la complessità delle reti geniche. Prestigioso risultato per due gruppi di ricerca operanti in Sardegna.
I gruppi di ricerca del CRS4 e del LinkaLab formati da Andrea Pinna, Nicola Soranzo, Vincenzo De Leo e Alberto de la Fuente hanno partecipato alla competizione DREAM5: Dialogue for Reverse Engineering Assessments and Methods organizzata in occasione della terza Conferenza internazionale "Systems Biology, Regulatory Genomics and Reverse Engineering Challenge" alla Columbia University di New York, dal 16 al 20 novembre 2010.
In questa competizione gruppi di ricerca di tutto il mondo partecipano presentando i propri algoritmi. Ai partecipanti vengono forniti i dati di un esperimento del quale devono predire i risultati, noti solo alla giuria. Quest'anno gli organizzatori hanno consegnato i dati di veri esperimenti biologici su batteri e lieviti e uno simulato al computer. Ogni inseme di dati conteneva le misurazioni ottenute in varie situazioni sperimentali: limitando o amplificando l'espressione di un gene, aggiungendo un farmaco oppure introducendo modifiche in una serie temporale.
Alberto de la Fuente, responsabile scientifico del gruppo congiunto CRS4-LinkaLab partecipa da tre anni a questa competizione (si è già classificato nei primi posti nel 2007 e nel 2009) e al CRS4 di Pula (Cagliari) si occupa proprio di sviluppare nuove metodologie per l'analisi integrata dei dati di espressione genica e di genotipizzazione (“systems genetics”) per l'interpretazione delle reti di geni, inoltre lavora all'identificazione delle reti geniche disfunzionali a partire dai dati di espressione genica di soggetti malati (“differential networking”). Spesso le malattie complesse dipendono infatti dall'alterata interazione tra set di geni e non semplicemente da cambiamenti occorsi in un singolo gene. Comprendere le dinamiche di queste interazioni può rappresentare un progresso significativo per la ricerca nel campo delle malattie complesse. Il principio alla base dell'inferenza di reti dalle osservazioni su larga scala - spiega de la Fuente consiste nello stabilire un relazione di causa-effetto tra i geni, utilizzando, per esempio, le perturbazioni di specifici geni e misurando quali di questi cambiano il loro livello di espressione. Questi geni sono legati a quelli perturbati da un rapporto causale. Si distingue poi tra relazioni di causa-effetto dirette e indirette. Il modello di rete risultante, una rete genica, consiste solo di connessioni che corrispondono a relazioni di causa-effetto di tipo diretto tra i geni".
Figura in alto: il poster che illustra il lavoro del team ALF Elucidating Transcriptional Regulatory Networks from heterogeneous gene-expression compendia.
Figura in basso (creata da Gianmaria Mancosu con il software Pajek): la configurazione 'bow-tie' della rete genica del lievito ottenuta dal gruppo di Bioinformatica del CRS4 dall'integrazione delle analisi di espressione genetica e dai dati genotipici
DREAM5

Bioinformatics Laboratory (CRS4)

12 dicembre 2010

Interview with Colin "No Impact Man" Beavan.

No Impact Family My interview with Colin Beavan.
Mr. Beavan, how did this all begin?
«In 2006, we had both the Iraq war and news of the melting of the polar ice caps. This was terribly depressing. On the one hand, we were fighting a war for the oil to power our corporatized way of life. On the other, we were melting the planet as a result of burning that oil for the same way of life. In between we had the way of life itself, which didn't seem to be making people happy. Americans are stressed. They work too much. 27 percent of us suffer from anxiety and depression. It just didn't seem like a way of life to fight a war and kill a planet for. So what if we could possibly discover a way of life that was both happier for the people and happier for the planet? That's what I wanted to discover».
Your book and your blog focuses on importance of choiches and related sacrifices, but also on happiness. Are you happy, living this experience?
«Our economy is predicated on the idea that the more "stuff" people have the happier they will be. So, we all work hard to get more stuff and, especially in the US, forget about the importance of our social relationships. That does not make us happy. During No Impact Man, my family and I got to think about our relationships since we were no consuming stuff. We hung out with our friends instead of in front of the television. That's what contributed to our happiness».
What was the most surprising thing you discovered during the year of “No Impact”?
«So much of what we did "for the planet" turned out to be better for us. We ate local food and our skin cleared up. We rode bikes and we lost our guts. We stopped wasting air conditioning and we saved more than a thousand. We stopped spending our time being consumers and ended up spending more time being friends and neighbors. This is true for the culture too. An American economy based on renewable energy and sustainable goods would keep poisons out of the air that we breathe and the water that we drink and provide a whole new job sector. What's good for the planet is good for the people».
What has been harder?
«Renouncing laundry machine was hardest!»
And now, all habits learned during the year of “No Impact” they surviving?
«It makes sense to eat food with no unpronounceable poison chemicals in it, so we prefer food from our trustworthy, local farmer. Rather than take a taxi to the gym so that we can then run in place on the treadmill, it makes sense to get our exercise as part of day by biking and walking. It makes sense to save money so we've cut our power consumption. What didn't make sense was washing our clothes by hand when there was no electricity! So that means that we must also work together to change the systems to ensure that our electricity and other needs are met sustainably. The point is not to deprive ourselves. The point is to make sure that the resources we use actually make people happy and that those resources are renewable».
What is the “No Impact Week”?
«The No Impact Week is a program of the non-profit I founded after my no impact year, the No Impact Project. The No Impact Week is an eight day carbon cleanse. It's an opportunity for people to discover for themselves what a difference lowering their impact can have not only for the planet, but for their own quality of life as well. Join us for our next No Impact Week, kicking off January 3rd, by registering here!»
Are there questions interviewers never ask that you wish they’d ask?
«No one asks me the purpose of life. My little girl Isabella knows the answer. If you ask her "Why are we alive?" She says, "To laugh." And if you ask her, "What responsibility do we have in our lives?" She says, "To make sure other people can laugh too." To me, it's all about laughing and joking and enjoying each other. But it's not enough just to be grateful for the gifts the universe has bestowed upon us. We must help the universe to bestow those gifts on others too».
Andrea Mameli, Cagliari (Sardinia, Italy) dec. 2010

Colin Beavan e famiglia: come vivere senza sprechi (L'Unione Sarda, 12 dicembre 2010)

impatto zero unione sarda 12 dicembre 2010 L'esperienza dell'ingegnere americano raccontata in un libro e in un video documentario. Colin Beavan e famiglia: come vivere senza sprechi. A tu per tu con l'autore di “Un anno a impatto zero”. «La cosa più difficile? Rinunciare alla lavatrice»
È possibile vivere a New York consumando il minimo indispensabile? Una famiglia ha provato a farlo e in un anno ha evitato di usare 2190 bicchieri di plastica, 2184 pannolini usa e getta, 1248 contenitori per cibi usa e getta, 572 sacchetti di plastica. Colin Beavan, laureato in Ingegneria elettronica all'Università di Liverpool, vive a New York con la moglie, la figlia e il cane. Scriveva libri di criminologia e di storia, ma un giorno, impressionato dalla quantità di rifiuti prodotti nella sua casa, ha pensato di limitare i consumi e di ridurre la produzione di rifiuti. L'esperienza - descritta nel best seller Un anno a impatto zero (Cairo Editore) - recentemente ha originato un interessante video documentario.
Mister Beavan, come è iniziato tutto questo?
«Nel 2006 avevamo la guerra in Iraq e le notizie dello sciglimento delle calotte polari. Uno scenario terribilmente deprimente. Da una parte stavamo combattendo una guerra per il petrolio e per il nostro stile di vita. Dall'altro stavamo fondendo il pianeta come risultato della combustione dei derivati del petrolio per il medesimo stile di vita. Nel mezzo avevamo lo stesso stile di vita, che non sembra rendere la gente felice. Gli americani sono stressati. Lavorano troppo: il 27% di noi soffre di ansia e depressione. Ecco, non mi sembra che per questo stile di vita si debba combattere una guerra e uccidere un pianeta. Allora, perché non cercare un modo di vivere più felice per la gente e per il pianeta? Questo è quello che volevo scoprire».
Il libro e il blog sottolineano l'importanza di scelte e sacrifici, ma parlano anche di felicità. Siete stati felici, durante l'esperienza?
«La nostra economia si basa sull'idea che più uno ha “roba”, più è felice. Così tutti lavoriamo molto per avere più cose e, specialmente negli Usa, dimentichiamo l'importanza delle relazioni sociali. Questo non ci rende felici. Durante l'esperienza “No Impact Man”, la mia famiglia e io abbiamo avuto modo di pensare alle nostre relazioni dato che non avevamo cose da consumare. A volte siamo usciti con i nostri amici invece che stare di fronte alla televisione. Questo è ciò che ha contribuito alla nostra felicità».
Qual è stata la sorpresa più grande durante l'anno “No Impact”?
«Molto di quel che abbiamo fatto per il pianeta si è rivelato buono anche per noi. Abbiamo mangiato cibo locale e siamo stati meglio. Abbiamo finito di spendere il nostro tempo come consumatori e abbiamo trovato tempo da dedicare a vicini di casa e amici. Ciò è vero anche per la cultura. Un'economia americana sostenibile, basata sulle energie rinnovabili, manterrebbe l'aria al riparo dai veleni che respiriamo e offrirebbe lavoro a molta gente. Quel che è buono per il pianeta è buono anche per le persone».
Cosa è stato più difficile?
«Rinunciare alla lavatrice».
E adesso cosa vi resta di questa esperienza? Cosa avete imparato e come vi state comportando?
«Fa una certa impressione mangiare cibo contenente veleni dal nome impronunciabile, così ora preferiamo cibo proveniente da fattorie locali di fiducia. Piuttosto che prendere un taxi per andare in palestra e poi correre stando nello stesso posto con il tapis roulant, preferisco fare dell'esercizio una parte della mia giornata, andando in bici o camminando. Il punto non è privare noi stessi di risorse. Il punto è fare in modo che le risorse che utilizziamo possano rendere felice la gente e che possano essere rinnovabili».
Cosa è la settimana “No Impact”?
«È un progetto dell'associazione che ho fondato dopo il mio anno senza impatto: “No Impact Project” - http://noimpactproject.org - è un'opportunità per la gente di scoprire che impatto può avere nelle loro vite il calo dei consumi».
Ci sono domande che nessuno vi ha posto ma avreste gradito ricevere?
«Nessuno mi ha chiesto nulla sullo scopo della vita. Mia figlia Isabella conosce la risposta. Se le chiedi “Perché siamo vivi?” lei risponde “Per ridere!”. E se le chiedi “Che responsabilità possiamo avere nelle nostre vite” lei ti dice “Per essere sicuri che possano ridere anche gli altri”. Per me tutto concerne la possibilità di ridere e scherzare e la capacità di apprezzarci reciprocamente. Non ci dobbiamo accontentare dei regali che l'universo ci ha fatto, ma dobbiamo aiutare l'universo a conferire quei doni anche agli altri».
ANDREA MAMELI

L'Unione Sarda, 12 dicembre 2010. Cultura.