La squadra dell'università di Trieste partecipa alla competizione internazionale IGEM: International Genetically Engineered Machine

L'edizione 2011 della competizione internazionale dedicata alla biologia sintetica IGEM: International Genetically Engineered Machine vedrà la partecipazione di un gruppo di studenti dell'università di Trieste, affiliati al laboratorio di ricerca ICGB: International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology e autori della ricerca SYNBIOME.
Alla gara, organizzata dal MIT (Massachusetts Institute of Technology), prendono parte:
Giulio Bernadinelli (Bachelor of Science in Medical and Pharmaceutical Biotechnology UniSr, Master of Science in Functional Genomics UniTs),
Luca Braga (Bachelor of Science in Medical Biotechnology UniMi, Master of Science in Functional Genomics UniTs), Francesca Cesaratto (Bachelor of Science in Biotechnology UniTs, Master of Science in Medicla Biotechology UniTs), Pierluigi D'antrassi (Bachelor in Electronic Engineering, Master of Clinical Engineering UniTs), Niels Ntamati (Bachelor of Science in Biotechnology UniTs, Master of Science in Neuorscience UniTs), Veronica Parisi (Bachelor degree in Evolutionary Biology UniBo, Master of Science in Functional Genomics UniTs).
Abbiamo intervistato il portavoce del gruppo, Luca Braga.
Cosa significa partecipare a questa competizione scientifica?
«La gara dura 12 settimane, a partire dal primo luglio, e consiste nel progettare e sviluppare un progetto di ricerca originale. L’edizione 2011 vede confrontarsi 166 università provenienti da tutto il mondo e per la prima volta ci sarà una prima selezione "Regionale": i vari partecipanti sono suddivisi in 3 regioni (Europa, Asia America). I team selezionati parteciperanno alla selezione finale.
La prima selezione per i team europei si terrà a Amsterdam il 1 e 2 ottobre e la seconda selezione si terrà a Boston nelle sedi del MIT dal 5 al 7 novembre. Per quanto riguarda l'Italia, le uniche due università partecipanti sono Pavia e Trieste, il team Triestino è esordiente, invece quello Pavese partecipa attivamente da alcuni anni».
Con che spirito partecipate?
«La volontà di partecipare a IGEM 2011 è nata da noi studenti e non ci è stata mai richiesta o imposta dagli organi accademici. Ci teniamo altrettanto a sottolineare che il sostegno fornitoci dall'Univesità degli Studi di Trieste, in particolare dal presidente del Corso di Laurea in Genomica Funzionale (Prof. Guidalberto Manfioletti) e dal presidente del Dipartimento di Scienze della Vita (Renato Gennaro) entrambi afferenti alla facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali è stato di fondamentale importanza per poter rendere reale questo nostro desiderio di partecipazione alla competione. IGEM è una gara che non prevede compensi di tipo economico, il premio è potersi misurare con realtà provenienti da tutto il mondo e tentare fra queste di essere la migliore. Un importante risultato di questa competizione è quello standardizzare le sequenze di DNA che sono coinvolte nel funzionamento del sistema progettato. Semplificando possiamo immaginare che ogni sequenza di DNA con una funzione nota sia un mattoncino Lego: se è conforme a tutti gli altri mattoncini si riuscirà a riutilizzare per fare nuove costruzioni, in caso contrario sarà inutilizzabile e finalizzato a un unico progetto. Ognuno di questi mattoncini di DNA andrà a implementare un Database gestito dal MIT in cui tutte queste informazioni sono raccolte e diventano di libero accesso per tutta la comunità scientifica oltre che per i partecipanti a IGEM.».
Che tipo di studi conducete?
«Il nostro progetto ha come nome "SynBiome" ed ha come obiettivo quello di generare un innovativo sistema di comunicazione Inter-regno, fra eucarioti e procarioti, completamente sintetico. Abbiamo disegnato un sistema in cui eucarioti e procarioti riescono a comunicare con lo stesso linguaggio, nel nostro caso attraverso molecole di segnale procariotico come AHL Acil-Homoserine-Lactone)per renderli abili nel cooperare al fine di generare un ecosistema sintetico, vantaggioso per entrambi. Oltre a un sistema totalmente inesplorato quello che vogliamo creare sarebbe una piattaforma spendibile in diversi settori dalla ricerca di base alla ricerca applicata in campo farmaceutico: generazione di bioreattori misti per la produzione di macromolecole biologiche di interesse terapeutico».
Cos'è la biologia sintetica?
«E' un'area di ricerca in campo biologico che tenta di coniugare la conoscenza scientifica di tipo biologico con quella ingegneristica. Un parallelo chiaro potrebbe essere la differenza fra l'utilizzatore di un software e il suo programmatore, un approccio biologico prevede l'utilizzo di una funzionalità l'approccio sintetico prevede la generazione di nuove funzionalità. Il biologo sintetico del futuro dovrebbe ragionare nell'ottica "What you mean is what you get"uscendo dall'ottica classica del "what you see is what you get".
Cosa è l'icgeb?
«L'ICGEB è il centro che ci sta garantendo gli spazi le attrezzature e il sostegno tecnico e scientifico per sviluppare il nostro sistema, il nostro team è suddiviso su due differenti gruppi di ricerca residenti in ICGEB, uno coordinato dal Prof. Mauro Giacca e l’altro dal Dott. Vittorio Venturi. Entrambi sia grazie alla disponibilità in termini di strutture che di supporto scientifico sono stati fondamentali per rendere possibile la nascita e lo sviluppo di questo progetto».

Andrea Mameli www.linguaggiomacchina.it 18 agosto 2011

SYNBIOME